Проект «5-100» предполагает, что пять российских вузов к 2020 году войдут в первую сотню ведущих университетов мира. Однако экспертное сообщество считает, что такие ожидания весьма завышены. Ни один из отечественных вузов, получивших денежную субсидию от государства, на сегодняшний день не попал на позицию первой сотни в рейтинге ведущих университетов мира. Представители Счетной палаты сообщили, что программа «5-100» реализуется с некоторыми нарушениями. В частности, были нарушены правила распределения, в результате чего одним вузам субсидии были завышены, другим – занижены. По словам экспертов, это создало почту для неравной конкуренции среди университетов. В ходе проверок также было выяснено, что основные средства были выделены на заработную плату сотрудникам вузов. По данным ведомства, на эти цели было потрачено порядка пяти миллиардов рублей, что составило около 60% расходов. По оценкам специалистов, именно неэффективность использования бюджетных денег привела к недостаточному обеспечению реализации образовательной программы.