Инфекция не оставляет после себя стойкого иммунитета, хотя повторные случаи текут уже не так фатально. Вакцинация позволяет либо предотвратить первичное инфицирование, либо значительно снизить тяжесть течения коклюша. Используются как клеточные вакцины (АКДС и аналоги), так и бесклеточные (более современные и безопасные).
В развитых странах вспышки коклюша приходятся в основном на детей, чьи родители настроены против прививок. Последний пример — Калифорния, США, январь — июнь 2010 года, 1337 случаев, 5 летальных исходов. 89% заболевших не были привиты.